模拟计算入门：初学者16个常见问题及解答

针对科学指南针前两期的模拟计算线上课程，同学们热情的提问，盟主特整理汇总了部分问题，并做了回复。欢迎围观啊！

还有不知道科学指南针模拟计算课程的？

去看本期推送的“指南针模拟计算课堂第三期”，里面有关于课堂内容的介绍哦。

不知道“第三期”推送怎么找？

跟盟主走，盟主给你带路。

关注“模拟计算联盟”公众号，查看历史消息，找到标题为“指南针模拟计算课堂第三期：量子化学的计算演示”的推文，就这么简单，快去看看

你问我为啥没有第一期和第二期介绍？

因为盟主之前没发现科学指南针的这个线上模拟计算课堂这么宝藏啊！

另外，盟主悄悄地告诉你：关于第一期课程和第二期课程的介绍和课程录屏，都可以在“第三期”的推送里找到哦！

好了，言归正传，进入16个常见问题。如果除下列问题，还有其他问题的，欢迎留言，盟主会持续推出答疑系列，以解大家学习过程中的困惑。

1. 怎么判断是SCF不收敛，还是构型不收敛？

答：看输出文件的报错信息，会直接写是SCF还是构型不收敛。

2. DFT计算怎么验证所选基组和泛函对于相应体系的适用性或者准确度？

答：做高精度计算（如DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ或DLPNO-CCSD(T)-F12/cc-pVDZ-F12）并对计算水平进行测评，或参考文献中的测评判断。

3. MS是否包含castep和dmol3？castep是个软件么？

答：包含。CASTEP有独立版本，但一般使用的都是MS中包含的版本。

4. 薛定谔软件是做什么的？

答：高通量筛选，分子对接。请看官网介绍:https://www.schrodinger.com/。

5. DFT一般是什么软件？高斯能做DFT么？

答：所有第一性原理软件（VASP, CASTEP, CP2K…）和几乎所有量子化学软件（Gaussian, ORCA, molpro…）都可以做DFT。Gaussian当然可以做DFT。DFT只是一种泛函，不是指一种软件，并不是某一种软件特有的。

6. 高斯能计算ORR么？

答：可以，但由于Gaussian的周期性边界计算功能弱，用Gaussian进行ORR计算需采用团簇模型。一般ORR计算建议用第一性原理相关软件计算。

7. 有没有推荐的物理有机教材？

答：Anslyn的Modern Physical Organic Chemistry是一般认为最经典的教材，但其内容以广度见长，深度有所欠缺。Carey的Advanced Organic Chemistry （Part A）可以作为很好的补充材料；此外网络上流传的Harvard的Chem206 (Evans)和Chem106 (Kwan)讲义也是很好的材料。

8. 计算表面催化用什么软件比较好？做催化热解一般用什么软件？热机理研究用什么软件？晶胞掺杂用什么软件比较合适？

答：固体/表面等都是第一性原理的领域，使用VASP/MS(CASTEP)等程序。

9. 二维碳材料用周期还是非周期体系？

答：当做二维材料处理就是周期性体系，用稠环芳烃做模型就是非周期性体系。

10. 做光学材料，哪些书籍可以理解基础知识？

答：固体物理；其他还需要看什么取决于研究领域，可以询问导师。

11. 表面蛋白质非特异性吸附可以做么？

答：可以。

12. QE做第一性原理和VASP比怎么样？

答：QE免费，功能强大，与VASP相比的劣势主要是缺乏赝势以及用户量少。如果能找到合适的赝势，QE不失为第一性原理的好选择。

13. 小白入门分子动力学可以用什么软件？

答：Amber, gromacs等都是合适的。Amber的优点在于官方给出了大量详细的示例；Gromacs的教程也很丰富，两者功能基本重合，任选即可。

14. 蛋白质对接可以用什么软件？

答：蛋白质-蛋白质对接可采用Z-Dock, 3D-Dock等。

15. amber和gromacs哪个好跑qm/mm？

答：Amber对许多程序自带官方接口，Gromacs自身接口不如Amber完备，需要折腾。简单的QM/MM建议用Gaussian等内置的ONIOM来做。

16. 多肽的亲疏水性质可以模拟么？

答：可以。

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